以方以智为首的桐城方氏学派，是明末清初与浙东学派等齐名的重要学派。作为明末清初时代精神的一个重要侧面，这个学派所坚持的学术研究的价值取向(提倡易学与科学相结合、哲学与科学相促进、中学与西学相会通、考据学与义理学兼用、实学与玄学兼顾)，对我们今天探讨传统文化如何现代化有极大的启示，值得高度重视。但由于种种原因，学术界迄今几乎无人研究桐城方氏学派。本文所以不避浅陋之嫌，对桐城方氏学派的学术贡献作大致介绍，正是为了引起学者对桐城方氏学派的重视，将桐城方氏学派研究真正提上议事日程：
一、桐城方氏学派及其主要代表
明末清初，文化界学术气氛相当活跃，形成了各具独特学风的诸多学派。领导东南学界的是黄宗羲，他继承和发扬刘宗周、黄道周的学术，开创了浙东学派经史兼顾、以史为重的学术传统。领导北方学界的孙奇逢，在他的倡导下，北方学者恪守儒家气节，在学术上则融诸儒学为一炉，以日用伦常为实际。在江西则有以魏禧为首的“易堂九子”，他们“以古文实学为归”，影响江西世风甚大。在山西有傅山，他在门人中提倡“经子不分”，将“子学”列于和“经学”平等的地位，打破了以经学为中国文化之正统的观点，开创了清代子学研究的风气。在陕西有李颐，他主张“学贵实效”，提倡“经济实学”，希望以实学修正理学家之空谈心性，对关中学风影响极大。而对上江一带士风影响最大者要数以方以智为代表的桐城方氏学派：这个学派，同黄宗羲为代表的浙东学派、以魏禧为代表的江西“易堂九子”都有联系，其影响绝不亚于明末清初风靡论坛的其他学派。
桐城方氏学派的产生，追根求源的话，要追溯到明代中叶的方学渐。方学渐是方以智的普祖，他曾在桐城筑“桐川会馆”，“日与同志讲性善之旨”，并以布衣“主坛席二十余年”。自方学渐建桐川会馆”开始讲学始，一批批士人学子陆续聚集在桐城方氏周围，砥砺风气，研讨学术，逐渐形成了一个在上江一带颇有影响的学团。后经其子方大镇、其孙方孔烟的努力，方氏学团有所发展。待到方以智时，由于他学识渊博，结交广泛，声誉高远，吸引了一大批追随者，方氏学团发展成为遐迩闻名的学派。
除创业者方学渐、代表者方以智以及中坚人物方大镇、方孔烟外，桐城方氏学派的主要人物尚有：吴应宾、三宣、钱澄之以及方以智的三个儿子中德、中通、中履和方以智的学生揭暄、游艺等。这些人物，或是师生同学关系，或是血缘关系，或是联姻关系，凝聚力极强，因而这个学派比明末清初其他学派更具有内部的稳定性，更具有战斗力。
同明末清初其它学派相比，桐城方氏学派在学术上一个明显的特点是注意研究自然科学，许多人都在这方面著有专著，例如王宣著有《物理所》、方孔烦著有《崇祯历书约》、方以特长的抱负。就学术价值取向上讲，提倡易学与科学相结合、哲学与科学相促进、中学与西学相会通、考据学与义理学兼用、实学与玄学兼顾，是桐城方氏学派不同于明末清初其他学派最显著的特点。由于坚持这种学术上的价值取向，所以这个学派在理论上超越了其他学派，成为十七世纪中国文化精神的一个重要方面--折中古今、会通中外的代表。
桐城方氏学派在学术上的共性，体现在每一个成员的学术活动和学术创造上，当然各有侧重，各不相同。为了揭示这一点，下面将对这个学派的几个主要成员的学术思想作扼要的介绍。由于后面将重点介绍方以智的学术贡献，故这里先介绍其他成员。
方学渐 学渐字达卿，号本庵。弟子私谥明善先生。他早年习诗文，十岁便“为文语惊人”。十六岁成为郡诸生，学识为一乡的秀才所佩服。不料七试不售，遂绝仕情，以布衣身份讲学于桐川秋浦间。他的讲学活动遐迩闻名，不但在皖江一带到处传扬，而且远扬东吴，博得东林党的好评。东林党人请他到“东林书院”讲“身心性命之学”。高攀龙尤其推崇他，把他与东林盟主顾宪成并称。晚年于桐城建“桐川会馆”，弟子数百人顶礼受教，其中有后来成为方以智老师的王宣。黄宗羲说他：“少而嗜学，长而弥敦，老而不懈”。这是对他一生孜孜追求学问的恰当评价。
方学渐逝世时七十五岁。一生著书二十多种，多已佚失，今尚存数种：《桐彝》、《迩训》、《庸言》、《心学宗》、《性善绎》、《东游记》。另外，其易学著作《易蠡》的部分材料，保存于方孔圉的《周易时论》；《桐城方氏诗辑》、《桂林桐城方氏家谱》及郡、县方志内，还散见有他的诗文。佚著有据可供稽考的目录为：《桐川语》、《北游记》、《南游记》、《七解》、《二解》、《一言》、《百八铭》、《崇本堂稿》、《孝经绎》、《先正编》、《诗读》、《桐川语录》、《崇实会记》、《连理堂集》、《会言》、《桐川会言》、《归去吟》、《十九章》、《崇本堂别稿》。上列这十九著作，除了几种可能相同外，绝大多数不可能异名同实，它们的佚失，是很可惜的事。
方学渐早年师事耿定向，就学谱论他属于王门左派，故黄宗羲在《明儒学案》中将他列入“泰州学案”。可他偏偏不赞成王畿的“四无说”，斥责“《天泉证道记》为傅会”．企图恢复正统王学。但是，他治学以“崇实”为主旨，强调“理是实理，事是实事”，坚持“究良知而归实”的学术价值取向。在这个取向的指导下，他实际上借“濂洛之教”来救王学末流的空疏之弊，其结果却同他的主观愿望相反，以折中程朱陆王为归宿，真正地背叛了王学的立场。正因为方学渐的哲学是调和“心学”和“理学”的产物，故它绝不是“道学”的简单翻版，而是有着独特的内容。他的哲学重点在于论述“心性”问题。在这个问题上，他的基本观点是认为“心体至善”、“性定是善”。但当他论证“心体至善”的道理时，所依据的理论则是“生理”说。他说：“阴阳、刚柔、仁义，皆生理也，虽不能无杀而杀，亦所以生之也，此可以识性善之原矣”…，认为从“生理”的本质在于生物成物(即使不得不灭物，归根结底还是为了生物成物)就能了解“心性”何以至善。因为“生理”既然“生生毫无杀机”，是至善的，那么得“生理”以成的人性，就不能不是至善的。方学渐还认为，“欲”同“性”是不可截然分开的，既然“性”源于“理”，那么”欲”也就与“理”相关。他说：“赤子初生，口欲食，眼欲视，体欲安，意欲适，四者所谓感物而动，性之欲乎!而理在其中，所谓人生而静，天之性也。””这是将“感物而动”之欲说成即“性之欲”，认为这种基于“性”而发的“欲”，根因于“理”；“理”是“天理”，则“欲”也就是“天性”。这是对道学家“存天理，灭人欲”说教的批判。
方大镇 大镇字居静，号鲁岳，门人私谥文孝先生。他早传父学，为郡生即以天下为己任：二十八岁考中进士，授大名府推官，便行“性善说”于事功，平反冤狱，捐钱助农，“世人高之”。因政绩卓著擢江西道御史，以病未赴任。后“巡盐两浙，巡按河南，调贵州道，改京畿道”，最后官迁大理寺丞，晋大理寺左少卿。他调任京官时当万历末天启初，当时东林党人秉政，邹元标、冯恭简于京城建“首善书院”，宣传“东林”主张。“首善书院”聘人核品极严，但邹冯等人视他为同道，请他到书院讲“性善之学”。不久，魏忠贤当政，邹元标等人下野，“首善书院”被毁，他于野筮得《同人》卦，遂绝仕途，于五十八岁这一年归隐故乡，以讲学和著述度过了晚年。
方大镇一生写了大量的著作，现已查到的目录有：《居敬穷理论》(六篇)、《闻私录》、《桐川讲义》、《易义》、《书义》、《理说》、《宁澹语》、《连理集》、《幽忠录》、《阳明录钞》、《仕学肤言》、《田居乙记》四卷、《荷薪义》八卷、《易义》四卷、《诗义》、《宁澹居诗集》十三卷、《礼说》、《野同语》、《縻爵昌言》、《阴阳录纂》、《荷薪别集》、《家史》、《山居记事》、《显忠录》、《宁澹居奏议》、《宁澹居文》、《正蒙述赞》、《性论至善讲义》三集、《宁澹文集》四卷、《永思录》、《居敬论》、《归逸篇》、《宁澹居诗文集》、《周易管窥》、《方大镇集》。以上三十五种，有些可能是重目，但大多数不重复是显而易见的。遗憾的是，其中除了《宁澹语》、《宁澹居奏议》、《宁澹居文》因刻入《桐城方氏七代遗书》尚存外，其它都已佚失。散见的文章有：见于方学渐《心学宗》内的《心学宗跋》、收于《康熙安庆府志》卷十六中的《桐川会馆至善堂记》、散见于方孔烟《周易时论》内的《易意》部分资料；散见于方以智《物理小识》、《药地炮庄》内的《野同语》部分材料。此外，在《浮山志》、《青原志略》、《静居志诗话》、《桐城方氏诗辑》中尚收有他的部分诗作。
方大镇明确指出，他的哲学思想是建立在方学渐思想基础之上的。他有一比，说其父学渐的思想是坚固的屋基，他就凭借这个基础构架自己的思想殿堂。但同方学渐思想相比，他的思想虽然具有调和程朱陆王的特点，但更倾向于心学：他继承学渐的“性定至善”，但他忽视了学渐“性善”说是以“性”禀赋自然流行的“生理”为前提的，因而他提出“理本性中所固有也” (以下凡属方大镇语，若未标出处，均同此)，把“理”说成源于“心性”；学渐主张的“无二心”，为他所接受，可学渐明言“性具于心，谓之道心”，将“道心”视为“人心”因禀赋而有的“性即理”，但大镇却说：“循理之谓道心，从欲之谓人心”。问题是，方大镇这种在坚持其父思想的前提下所表现出来的与其父思想之相异，究竟何因？这是因为方学渐基于思维与思维对象的统一性来把握“道心”与“人心”的统一性，而方大镇则基于“心为本体”把“道心”与“人心”视为“本心”的不同的发用，认为“道心”与“人心”的差别只是遵循什么(“理”或者“欲”)去发用而已。
妙就妙在，正因为方大镇从体用关系来论证“人非有二心”，他才得以丰富和发展了方学渐的“心性”说。方大镇说：“至善者，吾性本体也，于此下手，是以本体为工夫；于此究竟，是以本性合功夫”，表明他是从本体与工夫的关系来论证所谓“至善”，那么，“至善”的含义何指？他说：“不问有无，总归一善。”既然宇宙间一切终归独一无二的“善”，则“善”定是绝对的超然实体，所谓“善是绝待之善”。这个“绝待之善”对主体来说，就是人人都有的“至性”。所谓“至性”，就是“仁义爱敬根于不学不虑者”。不学不虑便存的“至性”，又称为“情之性”。“隋之性”相对“性之情”而言，而“性之情”是指“仁义之良，征于爱敬者”。可见，一个(性之情)是从已发之用而言的，一个(情之性)是从未发之体来谈的，所谓“性之情是谓良用，情之性是谓良体”。方大镇说：“良体良用是谓至善”。认为只有体用一致才能体现所谓“至善”。他把这种心之体同心之用相一致称为“良知”，所以他又“以良知表至善”。
方孔圉 孔圉 字仁植，号潜夫。门人私谥贞述先生。他少年时的生活，无非是咏诗读经，同时为科举而读时文。二十四岁那年，考中进士，翌年授嘉定知州，一年多后调任福宁知州。在福宁任职四年，因政绩显著，于三十二岁那年擢升兵部主事。在兵部主事任上，因忤魏忠贤，被削职为民，归隐故乡桐城。三年后，魏忠贤伏诛，他官复原职回京，又于三十八岁那年，升任尚宝卿。任此职后的第五天，曾祖母逝世，他只得乞假告归。不料其父方大镇庐墓过分悲哀，以至于未及除服而卒。他只得又按惯例丁忧三年。服除补原官．并于四十七岁那年，改任右佥都御史，旋以该职巡抚湖广。他被任命为湖广巡抚的任务，是镇压张献忠领导的农民军，因在一场与农民军作战中失利，被督师杨嗣昌弹劾进了诏狱。半年后被释放，受令戍绍兴。不久，应召进京，却不被任用，局促京邸一年有余，直到甲申(1664年)明亡前夕，才被授命山东屯田之务。可当他赴任抵达济南时，京城已破的消息便传到。他于是随败北的将帅投奔凤阳总督马士英。但马士英拥戴福王监国南京后，他对福王小朝廷的昏聩政治感到灰心，于是奉八十岁老母归隐桐城东乡白鹿山。他晚年的隐居生活首尾共十年，虽处境凄凉，内心苦闷，但潜心治学、刻苦著述的意志始终未变，终于在逝世的前一年，完成了他为之耗尽毕生心血的《周易时论》。
方孔圉著述甚多，但除散见于别人编著内的单篇独章外，现存的著作只有以下几种：
《周易时论》十五卷、《全边纪略》十二卷、《职方旧草》、《抚楚疏稿》、《抚楚公牍》、《知生或问》、《西库随笔》、《刍荛小言》。他的佚著，已查到目录的有：《易论》、《尚书世论》、《诗经永论》、《春秋窃论》、《四书当问》、《治师篇》、《出师中表》、《屯抚垦荒节要》、《古文诗集》、《环中堂文集》十四卷、《环中堂诗集》六卷、《过庭实录》、《礼节论》、《庸书广》、《石言》、《抱一斋当问》、《不佞集》、《学易中旁通》、《保障二议》、《勘楚节抄》、《知言鉴明》、《善述》、《金陵诫子书》、《白鹿山集》、《抚楚奏议》、《环草》、《潜草》。
方孔圉不但有比较广博的中国传统文化知识，而且对明末开始输入的西学亦有浓厚的兴趣，这使他的学问具有广博之特色。但是，就其同方学渐、方大镇在思想上的渊源关系而论，正如《方贞述先生墓志铭》的作者郑三俊所指出的，他的学术贡献，在于“广家传之易”，发展了其祖其父的易学思想。那么，孔烟的易学思想，较之其祖其父的易学思想，在内容上有哪些不同呢?归纳起来，主要有三点：
一曰博采众家的广度不同。方学渐释《易》，虽做到了“义理派”与“象数派”兼取，但他只在儒家的圈子内选择，儒家之外的各家易学思想，似乎没有涉及。到方大镇，学渐所坚持的这个倾向有所变化，他不但能采纳儒家内的两派意见，而且能汲取道家的老庄思想，可他并没有将眼光投向佛门，也没有利用当时的中西自然科学知识。而方孔圉在释《易》时，打破了三教九流的界限，只要他觉得有价值，不问何家何派，一律采纳；更为突出的是，他自觉地利用当时的自然科学，包括西方传来的天文学及数学。
二曰理论阐述的深度不同。方学渐、方大镇的易学思想，其核心在于道德说教，所以他们释易》，不论采取“义理”法还是采用“象数”法，都必然体现这个宗旨。方孔圉由于能博采众家，所以他在作宏观把握的同时，亦能在微观上达到深刻的认识。他的易学思想，远远超过其祖其父的“学止至善”这一浅层认识，而表现为哲学意义上的深层把握。方孔认为以往的“学易家，或象数以言占，或废象而言理”，都未能“观其通而知时义”，所以他要著阐“时义”的《周易时论》以折中诸家。
三曰理论体系的出发点不同。方学渐的哲学体系是“生理一元论”，而方大镇的哲学体系则是“性一元论”。他们的易学思想，同他们哲学的这一本体论立场，必然有着本质的联系：而方孔圉的易学思想之所以不同于其祖其父的易学思想，原因在于他在哲学上主张“太极一元论”。他把宇宙看作“有形”与“无形”的统一体，用象数家的术语，称前者为“有极”、后者为“无极”，认为它们所以能统一，根据在“太极”，在方孔圉看来，世界的无限丰富性．无非是“太极”在变异过程中的显现。正因为方孔圉将世界的发展变化视为“太极”在时间过程中显现其本质，所以他的易学著作《周易时论》才强调“时义”。
吴应宾 应宾字客卿，号观我。门人私谥宗一先生。方以智的外祖父。他二十岁考中进士，授翰林林院编修。后以目疾告归，潜心学问；晚年双目失明，仍不改初衷。他的著作不少，主要有：《宗一圣论》十篇、《古本大学释论》五卷、《中庸释论》十二卷、《性善解》一卷、《悟真篇》《方外游》、《采真稿》、《学易斋集》，惜均已散佚。他“精于西乾”，对佛教有深刻的了解．但他的学术却不拘限于释，而具有“三教合一”的特色。马其昶评论其学术道：“其学则通儒释、贯天人，宗一以为归。以谓山蹊之径，不可胜由矣；向墙之户，不可胜入矣，不离乎宗。宗者，宗其可为圣也。儒与释之：‘无我’，老之‘无身’，‘惟一’之训于《书》，旨矣哉!不知者，知圣不知一也；其知者，知圣之各一其一，不知共一其一也。故其论性不出于‘无我’之一言，无我者，至善之体相；有我者，不善之依止。尧舜之善用其性之才，以致其无我而已矣；桀纣之不善用其性之才，以致其有我而已矣，因著《宗一圣论》十篇，畅扬其旨。”*这是强调吴应宾立学以“宗一”为主旨。所谓“宗一”，既反对“知圣不知一”，也反对“知圣之各一其一”而“不知共一其一”，乃主张会通儒佛道三教，于儒佛道三教之思想通点上确立立学的宗旨。所以，方以智后来把其外祖父吴观我的哲学概括为“三一说”。
王 宣 王宣字化卿，号虚舟。原籍江西金溪，生于桐城。师事方学渐，常与方大镇、吴应宾以学问相辩论。他“四十绝欲”，唯以治学为事。他喜研物理，精通医道，尤擅长衍《易》。专以智于《虚舟先生传》中论其学道：“先生绪论旷观千世，尝诗书歌咏间，引人闻道深者，征之象数。其所杂著，多言物理。是时先生年七十，益深于《河》、《洛》，扬(雄)、京(房)、(关郎)、邵(雍)，无有能出其宗者。”根据这一评论，不难了解，王宣对象数学士分精通，其从象数路子衍《易》所达到的成就，胜过扬雄、邵雍等象数学大家。但由于王宣著作散失不存，现难以把握其象数学的具体内容。
钱澄之 澄之字饮光；初名秉镫，字幼光；号西顽道人。曾结庐先人墓旁，环庐皆田，因自号田间；人称田间先生。他与方以智是挚友。早年，他曾不慎入阮大铖为盟主的中江文社：方以智便劝他不屑与阮大铖为盟：“吴下事与朝局表里，先辨气类，凡阉党皆在所摒，吾辈奈何奉为盟主?曷不早自异诸。””就学术层面看，他与方以智也有许多相同点，例如：他们曾问《易》于黄道周；都采取“象数”与“义理”兼顾的路子研《易》；都坚持“汉学”的路子治学，凡训诂名物、典章、山川、地理，力求考据精赅。他在学术上最突出的贡献是主张以《庄》继《易》、以屈(原)继《诗》，庄屈合诂，这也与方以智的观点有不少相通之处。尤其《庄》、《易》相通这一观点，在方以智的论述中，亦时常被强调。他的著作有：《田间易学》十二卷、《田间诗学》十二卷、《庄屈合诂》八卷、《藏山阁诗集》十二卷、《田间文集》十三卷。
方中德 方中通 方中履 中德、中通、中履兄弟三人，学术兴趣各异，其父方以智也就顺其自然，令其“就资质所近，各成一业”。他们听从父亲教诲，治学各有专精。合三人专精之学问，恰好体现了方以智学问之博大精深，使方以智学术思想在一定程度上得到了继承和发扬。中德喜讲问经史，著有《古事比》十二卷、《易爻拟论》、《性理指归》、《经学撮钞》，发挥了方以智在经史方面的学术思想。中通精通数学、物理、天文，著有《数度衍》二十四卷、《音韵切衍》二卷、《篆隶辨从》二卷、《心学宗续编》四卷、《陪翁集》七卷、续四卷，发挥和发展了方以智在自然科学方面的学术思想。中履治学重纠谬质疑，所撰《古今质疑》一书，“讨论经史、礼乐、法度，以及历史、算法、声韵、医药，无所不备”。发扬了方以智治学“善疑”的科学精神。
二、方以智及其学术贡献
(一)方以智生平与著作
方以智，字密之，号愚者。别号甚多，主要有曼公、无可、药地、极丸老人等。门人私谥文忠先生。明安庆府桐城县人。生于明万历辛亥(1611)年十月二十七日，卒于清康熙辛亥(1671)年十月七日。幼时在桐城受启蒙教育于方学渐。五岁时方学渐逝世，其父开始督促他咏诗作文。七岁随父母居嘉定。九岁那年，其父由嘉定调任福建福宁，他又随父迁居该地。在福宁生活近三年，其间问学熊明遇，得以耳闻西学。十二岁母死，归故里依仲姑方维仪，并开始习《五经》。十六岁以王宣为师，究天人，钻《易》理，同时从白瑜学史攻《骚》。二十岁印王宣《物理所》，遂开始留心收集天文、地理、医药等材料。二十四岁移居南京，同黄宗羲等“东林遗孤”过往密切，时人目为贵公子。三十岁中进士，授翰林院检讨。任职翰林院期间，曾与汤若望一起研究天文学，并整理早年搜集的各种资料，于明亡前夕写成了《通雅》和《物理小识》初稿。明亡为农民军所逮，不倾大顺政权，乘机逃往南京，欲为复明效力，但遭到阮大铖的陷害，不为弘光小朝廷所容，被迫流离岭南。流离岭南期间，生活极其艰苦、仍“随野老问草木方言”，以求有所建树。四十岁被清兵所逮，为守明遗民之志，毅然剃发为僧。遁入佛门后，环境再三变化，度岭北还(1652年冬至1653年元旦)、闭关南京高座寺(二年)、庐墓合明山(三年)、禅游江西(五年)、驻锡青原(七年)，但钻研哲学的兴趣有增无减，写下了许多哲学著作。康熙辛亥年初夏，因“粤难”牵连被清廷逮捕，由南昌循赣江押解广州。这年天气酷暑，本已病弱的他，难耐酷暑，终于因后背“疽发”而逝世于万安惶恐滩。康熙壬子(1672)年冬，其子扶其柩归桐城浮山，安置“报亲庵”中，旋遵他生前遗嘱，将他葬在浮山东麓的母茔旁边。墓碑上没有刻生卒年号，表明他不想用清朝的年号，以免有损明遗民凛然气节。
以智著述勤奋，一生撰写了一百多种著作。这些著作绝大多数已散失，但尚存有数十种。现分列如下：《通雅》五十二卷。此著有康熙五年(1666年)刊印的“此藏轩”本、《四库全书》本及上海古籍出版社1988年出版的铅字排印本；《物理小识》十二卷。此著有光绪甲申(1884年)“宁静堂”刻本和“万有文库”铅字排印本；《医学会通》(内附《明堂图说》)；《内经经络》；《切韵声原》、《四韵定本》。这四种著作，仅有安徽博物馆藏手抄本；《东西均》，此著有安徽博物馆藏手抄本及中华书局上海编辑所1962年印行的铅字排印本；《周易图象几表》八卷。此著有北京大学图书馆藏清刻本及《续修四库全书》本；《药地炮庄》九卷，此著有清初“大集堂”刻本和1932年成都美学林排印本；《一贯问答》、《性故》、《易余》上下卷、《象环寤记》，这四种著作有安徽博物馆藏手抄本；《浮山文集前编》十卷、《浮山文集后编》二卷、《浮山此藏轩别集》二卷，这三种著作有湖北图书馆藏清刻本；《膝寓信笔》，此著有安徽图书馆藏《桐城方氏七代遗书》本；《愚者智禅师语录》，有《嘉庆藏》本；《冬灰录》、《庐墓考》，这二种仅有安徽博物馆藏手抄本；《博依集》十卷，有北京图书馆、北京大学图书馆藏崇祯十一年(1638年)刻奉；《流寓草》九卷，有北京大学图书馆藏崇祯年间刻本；《痒迅》，有北京图书馆藏《方密之诗抄》本；《瞻?》、《流离草》，这二种有安徽图书馆藏《桐城方氏诗抄》本；《禅乐府》，有安庆图书馆藏1935年排印本；《无生呓》、《借庐语》、《鸟道语》、《建初集》、《合山栾庐占》、《信叶》、《五老约》、《药集》、《正叶》，这九种诗词集仅有安徽省博物馆藏手抄本。
(二)方以智的学术成就
以智学识极渊博，在天文、地理、数学、物理、医学、音韵、文字、训诂、文学、哲学诸领域，都有杰出的建树。全面介绍他的多方面的学术成就，显然不是本节篇幅所能办到的，故这里侧重介绍他几方面的学术成就。
其一，在自然科学方面，他著有《物理小识》。这是一部自然科学百科全书性质的著作，其中许多记载，诸如“气映差”说、“光肥影瘦”说、“气‘发为声光”’说、恒星“自移”说等，表明了他在自然科学许多领域都作出了杰出的贡献。根据张秉伦等合著的《安徽科学技术史稿》的介绍，《物理小识》的科学成就涉及光学、电学、磁学、声学、力学诸多方面，尤其是在光学方面的成就更为突出。他所说的“光肥影瘦”现象，与今天所说的衍射现象很类似，而且与西方科学家发现衍射现象在时间上大体相当，这的确难能可贵。他对光的色散现象的认识也是很深刻的。在声学方面，他对声音的产生、传播、隔音、共振等都进行了研究。其中“隔音”一条，很可能是我国最早的关于吸音室的记载。在天文学方面，他对恒星视运动已有一定的认识，这早于西方200多年。他关于炼焦和焦炭作用的记载，是我国也是世界上炼炭和用炭的最早文字记载，比欧洲要早一个多世纪。日本学者评价《物理小识》乃“当奈端(牛顿)之前，中国诚可以自豪的”著作。”
其二，博物学方面，他著有《通雅》。这是一部汇集和考证明末清初听能收集到的各种知识的巨著。除卷首通论音义、文章等外，该著以知识内类别分二十五下-类：疑知、释诂、天文、地舆、身体、称谓、姓名、官制、事制、礼制、乐曲、乐器、器用、衣服、宫室、算数、植物、动物、金石、谚原、切韵、脉考、古方。其分类体现了“综合会通的知识分类”；其考辨“包含实事求是的科学精神”；其考据“穷源溯委，词必有征，在明代考据家中，可谓卓然独立矣””；梁启超则从“字义学”的意义上评价它的学术价值，称它“实为近代研究小学之等一部书”，其中“有许多新理解，先乾嘉学者而发明”。
其三，在声韵学方面，方以智的学术成就，最突出的有三点：一日他主张“以音求字”。他说：音有定，字无定，随人填入耳。各土各时有宜，贵知其故。””正因为字因“事变义起，不得不分别，故未分字先分音，取其易记”。这个主张被梁启超评为“密之的最大发明”。而且，他对古音古训，梳理之细、考辨之精，亦可谓前无古人，所以梁启超评价他“真算得中国文字之功臣了”。二日他主张文字改革。他说：“字之纷也，即缘通与借耳。若事属一字，字各一义，如远西因事合音，因音而成字，不重不共，不尤愈乎？”诚如梁启超所说，在三百多年前，他就如此主张中国文字改革应走西方拼音文字的道路，其见识气魄之远大，即便就今人的眼光观之，亦不能不敬佩。三日撰《旋韵图》，表其自造之新字母。其所自造之新字母，“乃斟酌古韵、华严字母、神珙谱、邵子衍、沈韵、唐韵、徽州所传朱子谱、中原音韵、洪武正韵、郝京山谱、金尼阁谱而成。分为三十六韵十六摄而统以六余声”，其专精深奥之程度，连博学的粱启超亦感叹“不惟不会批评，并且不会摘要”，只好留待古文字学专家去评说。
其四，在医学方面，方以智主要的学术成就有三：一是对“五运六气”说作了颇有哲理的阐述，提出了以下观点：1、“五运六气”是普遍性的存在，而它自身则以阴阳(就“五运”而言，指水火；就“六气”而言，指燥湿或称之冷热)为统纲，这就为他的“水火交济”病机学说奠定了理论基础；2、“五运六气”与人的生理运动和病理变化密切相关，不但认识经络藏腑脉象运动离不开运气说，就连认识病理、对症用药、施行医治，也不能脱离运气理论，所谓“受中生者，经络、藏腑、脉病、医治，无非运气”；3、“五运六气”学说中的一个理论问题，即《内经》所谓“寒暑燥湿风”，何以被后来的医家称为“六气”?方以智认为这是“不言火，莫非火也”“，就是说火寓于五气之中故实为六气。这是他的“五六交轮”的易学理论的具体发挥。所谓“五六交轮”，讲的是一分为二，二在一中；二分为四，五对四为中，即五寓四中；四分则为东西南北四极，而中除了与四极平面的相应外，还成为上与下的立体坐标，于是中又成为六。可见，相对四方的实体，中乃是虚，也就是说“五六”若不同一二三四相交相轮，则无法体现和认识。他的这个论述，要比刘完素等人的论述透彻得多；二是在脉学方面，方以智最鲜明的倾向是反对《脉诀》。《脉诀》全名为《王叔和脉诀》，乃五代时期高阳生假王叔和之名而作，但它流传很广，以至于“《脉诀》出而《脉经》隐”。为了正视听，他具体的指出了《脉诀》的错误所在，以证明《脉诀》“叛《内经》也甚矣”。他在脉学上的另一个倾向是反对陈无择的“三焦”说。“三焦”的实体是一个争论未决的问题，不少医家都有论及，但惟有徐遁、陈无择始创“三焦”之形说，云“有脂膜如掌大，正与膀胱相对，有两白脉从中出，夹脊而上，贯于脑”。方以智以《灵枢》中的论述为依据，驳斥了这种观点，指出若“三焦有形如膜，附于两肾夹脊。果而，则《内经》必言之矣，而《灵枢》论心主之脉，又何历络三焦云乎？！”方以智这里引经据典以驳陈无择的观点，虽未必有说服力，但他关于三焦实体的意见，应该说自成一家之言，值得我们重视。方以智在脉学上是创造性的贡献，照其子方中通所说，在于绘制“六气表里图”以揭示手足十二经循环。4、方以智在药学方面的成就，概括起来，主要有这么几点：首先强调要识药性，指出不识药性，“又安所讲君臣炮制。”制药须识药性，用药治病也当对药性了如指掌。他因此提出“因其性而用之”的用药原则，既主张根据药性相克相制的特性，辩证用药，又主张根据药物同是“一物而性理相反”的特性，灵活用药。方以智指出，如果对药性有了正确的认识，就能“反因约类，尽变不难”，做到靠普通的药材达到治病的奇效，并不一定以名贵药材为良方。他在药学上的贡献，还表现在他通过自己的实践，对《神申农本草经》和集药物学之大成的《本草纲目》都多有纠正和补充。值得一提的是，在医疗技术上，他对前人的办法也有不少改进，如对张机灌肠术加了加压手续；对唐代名医王焘《外台密药》中的救吞钩法增加了用蚕茧对食道的保护。5、方以智在我国医学界首先提倡中西医会通。在《物理小识》等著作中，他以《内经》中的有关论述为基础，积极吸取西医以“心肝脑”为全身之主的学说，形成了他的“人身三贵”论：“热以为主，血以为养，气以为动觉，其在身内，心肝脑为贵，而余待命焉。”
其五，方以智晚年遁入佛门后，由于客观环境的限制，在学术上转向潜心研究哲理。由于早年知识积累之广博与中年人生体悟之透彻，所以他在哲学上作出的成就尤为突出。他的主要哲学成就可以归纳为三个方面：1、他提出了“质测”与“通几”不相坏的方法论原则。“不相坏”，是指不互相排斥，可以兼用。关于“质测”、“通几”，他这样定义：“寂感之蕴，深究其所自来，是曰‘通几’；物有其故，实考究之，大而元会，小而草木蠢蠕，类其性情，征其好恶，是曰‘质’。‘质测’即藏‘通几’者也。”根据这一定义，“质测”是探求“物之故”的方法。何为“故”？方以智说：“所以者何？则故而已矣”，意思是讲“故”乃物之“所以者”，即物所以存在的内在根据，亦即所谓“物理”。“物”所固有之“理”，在方以智看来，就是指物自身存在的内在矛盾运动，所谓“阴阳刚柔，物理也”。这一物理，要靠质测家们“质之通”来把握，所谓“质之通者，皆物理也”。这里所讲的“质之通”，意谓质核而通类。“质核”又称为“据质论之”；“通类”也就是比类归纳。无论是“质核”还是“比类”，都是以感性对象或曰经验对象为转移，所以方以智说“质测”亦即“实考究之”。所谓“实考究之”，也就是“以实事征实理”。可见，重观测、重实验、征确然，这些都是“质测”方法必需坚持的。他强调，要真正做到这些方面、有效地运用“质测”方法，还必须严格以如下具体步骤进行：首先是“类其性情”，就是说将纷繁的事物归类排比，找出物性相通以便相互求证，它是整个“质测”认识的基础一步；其次是“征其好恶”，意思是说，将通过类比得出的结论，即所谓“物理”或曰“质理”、“实理”，在从好坏两个方面比较论证。虽然“验其实际，则甚难”，但如果不经过这一比较论证找出同异，就会“惟见其合，不见其分”，仍然有可能囿于现象而不能通其故；再次是“推其常变”，就是将比照所得的结论再推论一下，看其在正常条件下和反常条件下的适应程度。这种类推必须以上面的“实征”为基础，同时要注意整个“实征”过程的一致性及一定的“实征”认识与一定的时空条件相吻合。将方以智的“质测”法所强调的三个步骤同培根(欧洲近代哲学开创者之一)的归纳法所强调的“三表”(存在表、差异表、比较表)加以比较，不难发现它们在根本思想上是相通的。方以智所说的“几”是指运动变化之深微契机，则所谓“通几”，就是以会通的方法找出事物内在变化的根因。方以智指出，“通几”不同于“质测”，它不是“实考究之”，而是“深究之”。所谓“深究之”，也就是深入会通之意。它是在“质测”所获得的感性材料的基础上，运用理性的方式，从“物理”推到“至理”。与“物理”乃具体一类事件的“所以然者”不同，“至理”则是事物矛盾普遍存在的“所以然者”。一物固有之“所以然”，可以“实征之”，而万物共有之“所以然”则无法“验其实际”，只有靠“通几”来“推豁”，所以说：“专言通几，则所以为物之至理也””，意谓“通几”是求“至理”这一万物普遍法则的方法。正是从“通几”为逻辑推演这个意义上讲，方以智称“通几”为“通论”。“通论”的具体要求有二：一为“充类至尽”，将由“质测”所求到的“物理”再推演下去，一直推到它的极限，以找出事物所以然之究极原因；二为“以理推之”，由已知之理凭逻辑形式推论未知之理。方以智认为这一方法是普遍适用的，所以他说“随立一名，皆可遍推。”可见，“通几”方法要求先求一般，然后再从一般到具体，它同欧洲近代哲学另一开创者笛卡儿所提倡的“演绎法”，在基本精神上也是相通的。2、方以智的哲学体系，虽然就其逻辑展开的总过程讲，是一个逻辑终点最终回归逻辑起点的封闭体系，但就其一个个局部的逻辑展开过程而言，它却包含了丰富的辩证法思想，比如说“凡天地间皆两端”、“尽天地古今皆二”(意思是说矛盾普遍存在，事事有矛盾，时时有矛盾)；“两端贵先”(意思是说，矛盾双方其中有一方在矛盾中占优先的地位。这占优先地位的矛盾一方，是矛盾双方中的主导的一方，矛盾的性质就由这占主导地位的矛盾方面所决定)。但就其对中国古代辩证法思想的贡献而言，方以智的建树主要体现在两点：(1)他说：“天地间之至理，凡相因者，皆极相反”，这是将矛盾法则上升到最高的哲学规律来认识，它标志着我国古代辩证法思想发展到了一个新阶段；(2)方以智以“夺”来表达矛盾双方的排斥和斗争。所谓“夺”，用他自己的解释，叫做“相侵相逼”。他说：“‘并育不相害’，而因知害乃并育之几焉；‘并行不相悖’，而因知悖乃并行之几焉”，认为矛盾双方的“相侵相逼”的“对夺”之争，是互相为“害”的，但事物所以能无妨碍地生育，其根因恰恰在于“对夺”之“害”；事物之间错行是互相悖突的，但事物所以能并行不妨，其根因恰恰由于“对夺”之悖。这个观点，不但承认矛盾的对立和斗争是存在的，而且认为矛盾的对立和斗争具有积极作用，它在中国古代辩证法思想史上堪称凤毛麟角之见；3、从认识论层面来看，方以智的以下三个观点值得重视：一是强调认识主体在认识中的主导地位，所谓“人者，天地之心”，“人宰天地，故曰人乃天地之心”；二是方以智早年将“心”与“脑”加以区分，进而将认识视为大脑的机能。他是这么论述的：“心则成内热与生养之气，脑生细微动觉之气，故并贵也。或问三贵之气如何？曰肝以窍体内收半变之粮，渐从本力，全变为血，而血之精分，更变为血露，所谓体性之气。此气最细，能通百脉，启百窍，引血周行遍体。对血一分，有大络人心，先人右窍，次移左窍，渐至细微，半变为露，所谓生养之气也。是气能引细血周身以存原热。又此露一二分，从大络升人脑中，又变而愈细愈精，以为动觉之气，乃令五官四体动觉得其分矣。浮山愚者曰，人之智愚系脑之清浊。”可惜的是，当他晚年遁人佛门后，他没能将这一有价值的探索进行下去，反倒重提“心之官则思”这一不科学的提法。三是在“知行”关系问题上，方以智既反对“分知行”亦反对“合知行”，而主张“知行之一致”。他认为主体与客体是辩证的统一，主体的认识与主体的实践亦是辩证的统一。其统一性，在过程中表现为由“行”到“知”、再由“知”到“行”。这整个过程，就本质讲，是“行”促进“知”的过程，故归根结底“行”是主体获得同客体统一的根源。“行”(或用方以智自己的话讲，叫做“施为”、“实行”)，在他看来，不但对认识的产生和深化起决定作用，而且也是检验认识正确性的标准：“一曲之明，作不得主，透不过事，转不动物，为势所眩，利害所阻，表里不洞达，心境不圆通，施为不恰当，即知不能格物。”由于时代的局限，方以智在这段论述里将人的心理等主观因素同主体的施为作用并列为真理标准，但他把改造客观的“施为”是否恰当作为检验认识是否正确的标准的观点，仍值得我们高度重视。他的这个观点，可以毫不夸张的说是中国古代哲学史上关于这个问题的独一无二的建树。
(三)方以智学术的深远影响
方以智的学术思想给后人留下了宝贵的精神遗产，产生了深远的影响。在清代，学人们极赞许其学识渊博、考据精确，把他视为开清代“汉学”学风的先驱人物。十八世纪初，《通雅》、《物理小识》传人日本，对日本近世思想颇有影响。被誉为“科学历史学的先驱”的新井白石仿《通雅》而著《东雅》；而作为日本古代辩证法思想杰出代表的三浦梅园，则在其《赘语》中屡引《物理小识》。嘉庆、道光年间，《通雅》又传人朝鲜，为朝鲜学人所重视。民国之后、“五四”以来，西学见重于中华，言方以智之学者，又盛赞其开近世科学之风，梁启超推崇他的“尊疑、尊证、尊今”的治学方法，罗常培强调其“汉字革命论”之难能，容肇祖称许其务实精神之可贵。新中国建立以后，方以智的学识与品操更受到人们的重视。他的故乡的政府与人民，两次重修他的墓，并在他的墓前的石碑上刻上了“博学清操垂百世，名山胜水共千秋”的楹联，以表达对他的怀念与崇敬；我国当代著名的思想家侯外庐则发表宏篇巨作阐述他的学术思想，称其思想乃“东林”、“复社”精神的理论总结，代表了中国十七世纪时代精神的一个重要侧面。1962年，手抄本《东西均》出版，方以智于该书中提出的“合二而一”论引起学人的极大兴趣，以至于后来在理论界因此论而展开了一场大辩论。进入八十年代以后，国内外学者对他的学术思想的重视与日俱增，关于他的生平、著作、哲学思想、科学思想的专著与论文出版和发表了几十种；国内外都有学子选其学以撰写硕士、博士论文；在大学的中国哲学史的教科书中他的哲学思想被列为专章，作为一份精神财富，给人以永久的启发。
